Прославился композициями, отражающими русскую культуру и традиции. Автор легендарного марша «Прощание славянки».

Родился в деревне Шанчерово Михайловского уезда Рязанской губернии в бедной крестьянской семье. В 1894 году был зачислен воспитанником в духовой оркестр 308-го Царевского батальона в Астрахани. С 1912 по 1915 год учился в Тамбовском музыкальном училище, где и сочинил свой самый популярный русский патриотический марш — «Прощание славянки». Позднее поступил на военную службу.

В 1918 году добровольно вступил в Красную Армию и организовал духовой оркестр в 1-м Красном гусарском полку. В 1920 году вернулся в Тамбов, где руководил музыкальной студией и оркестром войск ГПУ. В 1922 году был переведен в Москву и до самой своей отставки в 1955 году возглавлял различные оркестры по линии войск ВЧК — ОГПУ — НКВД — НКГБ.

В 1928–1933 годах участвовал в организации духового оркестра из беспризорников. Для многих из них это стало началом профессиональной карьеры музыканта.

Написал множество маршей и пьес для духового оркестра, но ни одно его произведение не смогло даже приблизиться по известности к знаменитому «Прощанию славянки». Марш является одним из символов патриотизма в современной России; на эту же мелодию написан гимн Тамбовской области.

В честь Василия Ивановича Агапкина была названа улица в Тамбове.